מאז יוני 1967, משך חמישה עשורים, פוצלו השטחים הכבושים ליחידות שמתקיימות בהן שיטות משטר ואופני שליטה שונים:
ירושלים המזרחית סופחה רשמית על ידי ישראל שבועות מספר לאחר המלחמה. הסיפוח נעשה תוך הפרת הדין הבינלאומי, והביא לעמימות מתמשכת ביחס לשטח ולמעמד התושבים הפלסטינים, המהווים כיום כמעט 40% מתושבי ירושלים.
מבחינה רשמית תושבי ירושלים המזרחית הם תושבי קבע המתגוררים בתוך גבולות מדינת ישראל. אולם הם אינם אזרחי המדינה ואינם זכאים לבחור ולהיבחר לכנסת. על אף שהחוק הישראלי הוחל במזרח העיר, הרי שבפועל המדיניות שהתגבשה כלפי התושבים באה לידי ביטוי בהזנחה קשה, בדיכוי ובהתעמרות, ובהפרת החוק הישראלי המבטיח להם זכויות יסוד מתוקף הסיפוח.
משטר צבאי הוטל על שאר השטחים שנכבשו ביוני 1967. הממשלה סירבה להצהיר שמדובר בשטחים כבושים כפי שאלו מוגדרים על ידי הדין הבינלאומי ("דיני הכיבוש"). יחד עם זאת, ישראל התחייבה שהצבא יפעל בשטחים בהתאם להוראות ההומניטריות החלות על שטח כבוש. בהתאם לכך, המפקד הצבאי הוא הריבון בשטח, האחראי על הסדר הציבורי ועל הביטחון. הוא משמש "נאמן" של האוכלוסיה המקומית, שתושביה נחשבים "תושבים מוגנים", והוא אחראי לדאוג להם ולרווחתם. הכיבוש הצבאי הוא מצב זמני, והדין קובע הגבלות שנועדו להבטיח שלא יתבצעו בשטח שינויים מרחיקי לכת.
אולם שאיפות הסיפוח של השטחים יצרו מציאות אחרת לגמרי. ריבון זמני? נאמן של האוכלוסיה המוגנת? לא ממש. הצבא נדרש לממש את מדיניות הממשלה תוך הפרה בוטה של המשפט ההומניטרי הבינלאומי, שמסדיר את שליטת הצבא בשטחים ומהווה את מקור סמכותו.
על ידי הקמת ההתנחלויות – תוך הפרת הדין הבינלאומי – נוצרו "איים ישראלים" בתוך השטח הכבוש. אלה חוברו לישראל באמצעות רשת כבישים ותחבורה נפרדת. צעדים אלו, שהלכו והתגברו, טשטשו את ההפרדה בין ישראל הריבונית לשטחים הכבושים.
יצירת שתי מערכות חוק נפרדות לישראלים ולפלסטינים המתגוררים בשטחים איפשרה מהלכים אלו (ראו פרק 3). אם בשטחים הנתונים לשליטת הצבא יש מערכות חוקים נפרדות על בסיס לאום המקיימות אפליה בוטה נגד האוכלוסיה המוגנת – זה כיבוש או שמא ריבונות?
במקום לממש את חובתו לדאוג לאוכלוסיה המקומית הנתונה תחת כיבוש, חלקים מרכזיים ממשימתו של הצבא בשטחים מוקדשים להגנה על ביטחון המתנחלים, להרחבת ההתנחלויות ולביצוע צעדים שיקלו על סיפוח השטח. לאורך השנים נוצרו בגדה המערבית וברצועת עזה מרחבים שלמים שבהם האפשרות של הפלסטינים לנוע או להתגורר מוגבלת, מצומצמת או אסורה. בעיניהם של ישראלים רבים, אזורים אלו כבר אינם "פלסטיניים" אלא "ישראליים".
חומת ההפרדה העמיקה תהליך זה באצטלה של צרכים צבאיים. היות ותוואי החומה אינו חופף את הקו הירוק, הוא יצר מובלעות ואזורים שאליהם הפלסטינים מנועים מלהגיע. גישתם של הפלסטינים לצורכי מגורים ועיבוד אדמות באזור "מרחב התפר", שנוצר מערבית לתוואי הגדר/החומה, הלכה והצטמקה. החומה בירושלים הפרידה יותר מרבע מתושבי ירושלים המזרחית משאר חלקי העיר. הרשויות הישראליות, ובכללן עיריית ירושלים, מתנערות מחובותיהן הבסיסיות כלפי התושבים, על אף שמבחינה חוקית הם נותרו חלק מהעיר.
בין הקו הירוק לתוואי החומה לאורך הגדה המערבית נוצר שטח "ישראלי", שמספר הפלסטינים שנמצאים בו הולך ומתמעט; בין הגבול העירוני הרשמי של ירושלים המסופחת לבין הגבול הפיזי שיצרה החומה נוצר שטח הפקר, no man's land.
אופי השליטה הישראלית בשטחים השתנה בעקבות הקמת הרשות הפלסטינית במסגרת הסכמי אוסלו, שצמצמו את היקף הסמכויות של הצבא. משרדי הממשלה הפלסטיניים אמונים על חיי היום יום בשטחי איי ובי (כ-40% מהגדה המערבית), כמו גם על מספר שירותים הניתנים לתושבי שטחי סי. אלא שהשליטה הישראלית המלאה על שטח סי, המהווה 60% מהגדה, משאירה בידיים ישראליות את המפתחות לפיתוח עתודות הקרקע, התשתיות ומשאבי הטבע בגדה כולה. העליונות הצבאית המובהקת מאפשרת לישראל לפעול כרצונה בכל רחבי הגדה, ולהמשיך בנישול של קהילות פלסטיניות מאזורים אסטרטגיים בשטח סי.
ברצועת עזה, המציאות שנוצרה אחרי 1967 של שלטון צבאי והקמת התנחלויות השתנתה מן היסוד בעקבות תוכנית ההתנתקות ופינוי המתנחלים בקיץ 2005 והשתלטות חמאס על הרצועה זמן קצר לאחר מכן. כיום מתקיים פיצול חד בין הגדה המערבית לרצועת עזה, שהפכה להיות בית כלא עצום לכשני מיליון בני אדם. שליטת חמאס בעזה הולידה מצב של עוינות מתמשכת בין ישראל לרצועה, שהובילה גם לשלושה סבבי לחימה.
גם לאחר ההתנתקות שמרה ישראל על שליטה במעברים היבשתיים לרצועה, על הים, על האוויר, על המכס ואפילו על רישום האוכלוסין של עזה. לשליטה זו יש השלכות כבדות משקל על חופש התנועה של תושבות ותושבי הרצועה, על האפשרויות העומדות בפניהם לממש זכויות יסוד כמו חינוך ובריאות, וכן על הפיתוח, השיקום והמצב הכלכלי ברצועה. בעוד ישראל טוענת כי היא יצאה מעזה ובכך הגיע הכיבוש אל קיצו, ארגוני זכויות אדם סבורים כי דיני הכיבוש ממשיכים לחייב את ישראל, בעיקר באותם תחומים שבהם היא מוסיפה לשלוט על הרצועה. הידעתם, שמי שיוצא מעזה לישראל צריך להציג אישור כניסה ולא דרכון, כי הוא בעצם לא מגיע ממדינה זרה?
כיום, השטחים הכבושים מפוצלים יותר מאי פעם: רצועת עזה, ההתנחלויות, שטחי איי, בי וסי, מרחב התפר, בקעת הירדן, חברון המחולקת, ירושלים המסופחת וזו שמעבר לחומה – בכולן צורות שליטה ומערכות חוק שונות. הפיצול הפיזי והמשפטי של השטחים הוביל להפרות חמורות של זכויות האדם האישיות והקולקטיביות של התושבים הפלסטינים, תוך טשטוש גבולות מדינת ישראל והמשטר הדמוקרטי שלה.
